输尿管结石的治疗费用与所选治疗方法有关。药物排石费用很低，但大多数输尿管结石不能通过药物排出体外；体外冲击波碎石是最常用的排石方法，在大城市的三甲医院，普通的碎石只需1200元；输尿管镜手术和经皮肾镜手术费用较高，由于手术过程所需耗材费用昂贵，所用费用约1-5万元。此外，费用与手术和结石复杂程度有关，如果手术后出现感染性的并发症，如尿脓毒性休克等疾病，治疗费用将大大增加，可达到10-20万元，甚至更多。