子宫内膜异位症的发病机理是位于子宫内膜的正常活性子宫内膜细胞，通过输卵管异位到其它部位，主要原因是由于激素的周期性变化导致子宫内膜的改变。如改变激素周期性的分泌，子宫内膜异位症的症状则会得到较明显改善。如怀孕后内膜异位病灶在孕激素作用下出现萎缩的状态。通常女性分娩后，其症状会有明显改善。此外，妇女绝经后卵巢不分泌雌激素和孕激素，子宫内膜异位症的症状则会消失。