大部分子宫内膜异位症的手术效果良好。如果诊断为子宫内膜异位症，患者无特殊情况时建议积极进行手术治疗。手术目的为明确是否属于真正的子宫内膜异位症，以及剥除子宫内膜异位症的病灶。 如果为真正的子宫内膜异位症，尤其在仅进行囊肿剥除的情况下，患者存在一定的复发概率。但保留子宫和卵巢后，此类患者可使用药物进行长期维持治疗，目前效果较为理想，持续用药1-2年可以在很大程度上降低复发概率。但针对没有手术的患者，不可进行试验性用药。 因此，对于病情较轻的患者通过术后积极的药物治疗，一般效果良好。