慢性萎缩性胃炎治疗时也分为对因治疗和对症治疗。对因治疗主要是针对物理因素、化学因素、生物因素进行调整，避免烟酒、刺激性食物，有幽门螺杆菌的人一定要及时进行根治。黏膜保护剂还有抑酸药，针对症状进行对症治疗，改善消化能力各方面。但萎缩是长期慢性炎症导致的黏膜变薄，在临床试验中发现，长期用药不论是用保护胃黏膜药、抑酸药，还是促进黏膜生长的药，最终都起不到让萎缩的黏膜恢复正常的作用。慢性萎缩性胃炎的病人，可以控制、减缓萎缩的急速发展，但是不能逆转，没有根治的可能。