骶骨脊索瘤最佳的治疗方法是广泛切除，辅以术后放射治疗。骶骨脊索瘤手术方式的选择主要取决于肿瘤的浸润范围，肿瘤可能浸润至臀部肌肉，必要时手术需要切除受累的肌肉。如果需要切除直肠或者期望行骶骨切除术，可能需要进行直肠造瘘手术。完全切除可以获得最佳的治疗效果，有时候与大剂量放疗联合使用并不能阻止肿瘤复发，但是可以延缓复发，所以建议手术之后联合放射治疗。由于脊索瘤平均生存期大约是6.3年，而且容易复发，所以强调手术之后的患者，一定要定期进行影像学随访。