早晨起来口苦的原因有以下几种：1、口腔疾病：与口腔局部微生态环境有关，是否有龋齿、口腔溃疡、口腔黏膜糜烂、残渣聚集在齿缝间、牙龈和牙周疾病，要通过专业检查加以确定和有效治疗就可控制；2、食物：如隔夜食物引起口苦，进食方面就要尽量选择容易消化且尽量不宜过饱，也能够减少口苦；3、胃肠运动功能障碍：包括排空障碍、食物积滞或胆汁反流，要加强胆汁中和、加强胃肠蠕动、辅助性使用消化酶可能会解决问题。